速度に関する問題は、USB接続で発生します。
もっとも、これはHDDに限らず、USB対応の機器全てで起こりうる問題です。

どちらかというと、外付けHDDよりもUSB接続の地デジチューナーで巷では騒がれている症状です。

よくある問題として、USB2.0の機器が何故かUSB1.1として認識されてしまうという問題です。
機器により発生しやすさが異なり、パソコン側でも発生しやすかったり、発生しなかったりとはっきりしません。

相性問題といわれたり、機器側の不良だといわれたり原因ははっきりしませんが、HDDの場合はポップアップで「高速でないハブに接続している高速USBデバイス」と表示されることがあります。
USB2.0のポートにUSB2.0の機器を接続していてもこの表示が出た場合は、一度機器を取り外して接続しなおしてみるといいでしょう。

頻発する場合は、別のUSBポートに接続してみるか、ドライバの削除と更新をしてみることをオススメします。

　＊ドライバの削除はデバイスマネージャで「○○○（機器によって異なる） USB2 Enhanced Host Controller」と書かれたドライバを削除し、PCを再起動する

WindowsXP以降のようにUSB2.0にOSが対応していれば、ドライバを削除した後に、パソコンを再起動すれば、自動的にドライバを再インストールします。

USB3.0の場合は手動で入れなおす必要がありますが、一度ドライバを削除して再インストールという流れは同様です。