外付けHDDの大きな問題として、故障のしやすさがあげられます。
故障の原因は、衝撃と熱が考えられます。

ケース内に固定している内蔵HDDと違って、外付けで使う場合は不意に衝撃が加わることも少なくありません。

　＊こういった簡易な変換ケーブルで外付けにすることも可能だが、衝撃にはかなり弱くなってしまう、ケースに入っている場合でも内蔵よりシビアな環境

特に縦置きで使っている場合に、うっかりケーブルを引っ張ってしまって倒れてしまうということは珍しくありません。
倒れてしまうまでいかなくとも、動作中に動かしてしまうのは好ましくありません。
即故障につながらなくとも、徐々に調子が悪くなっている可能性もあります。

熱の問題はHDDには深刻です、特に外付けHDDでは、小さいケースにHDDを収めているため、内蔵HDDに比べてかなり過酷な環境といえるでしょう。

最近ではそれらに配慮され、冷却ファンが搭載されたモデルなども登場しています。
発熱の少ない回転数の遅い省電力モデルのHDDを採用した製品などを選択するのも手です。