SATAのHDDとIDEのHDDは速度だけでなく機能にも差があります。
SATAのHDDではランダムアクセスを高速化するNQC（ネイティブキューコマンド）やパソコン起動中にHDDの取り付け、取り外しが可能になるホットスワップなどに対応しています。

これらの機能を有効にするには、BIOSやUEFIの設定でHDDモードをAHCIに設定する必要があります。
少し前までのパソコンではOSやその他のハードウェア、ソフトウェアとの互換性を取るために、これらのSATAのHDDが持つ機能を無効化したIDE互換モードが標準設定になっている場合があります。

　＊マザーボードのBIOS画面、上のSATA RAID/AHCI ModeをAHCIに設定している
　　このマザーの場合チップセットの設定はDisable（無効）とAHCIモード、RAIDモード
　　この他、下に別途チップが載っており、そちらはIDEモードとAHCIモードがある

WindowsVista/7だと、OS自体がAHCIに標準で対応しています。

　＊Windows7搭載のパソコンのBIOS画面、標準でAHCIに設定されている
　　このパソコンはAHCIモードとCompatibility（互換）モードがある
　　このようにIDE互換モードはマザーボードによって表記が異なる

Windows7で標準対応していないハードウェアでもOSインストール時にドライバをインストールすることでAHCIを活用できます。
Windows7が標準でインストールされているパソコンではだいたいがAHCIに設定された状態で販売されています。

面倒なのがWindowsXPの場合です、XPではOSインストール時にフロッピーディスクからAHCIのドライバーをインストールする必要があります。
あらかじめAHCIドライバインストール用のフロッピーディスクを作成しておかなければならず手順もややこしいのが難点です。

XPの場合は無理にAHCIを使わずに、多少性能は落ちでもIDE互換モードで使ってしまってもいいでしょう。